Vị vua Akhenaten trong tương lai là một người con trai của Amenhotep III và chính cung hoàng hậu Tiye. Con trai cả vốn là Thái tử Thutmose, được công nhận là người thừa kế của Amenhotep III, nhưng ông ta đã mất khi còn tương đối trẻ và người tiếp theo được kế vị ngai vàng là một hoàng tử tên là Amenhotep.[20]

Hiện nay có rất nhiều tranh cãi xung quanh việc Amenhotep IV đã kế vị ngai vàng sau khi vua cha Amenhotep III của cha ông qua đời hay là có một giai đoạn đồng nhiếp chính (theo một số nhà Ai Cập học là kéo dài 12 năm). Các tác phẩm hiện nay của Eric Cline, Nicholas Reeves, Peter Dorman cùng các học giả khác đã nêu ra những lập luận mạnh mẽ chống lại quan điểm về việc thiết lập một giai đoạn đồng nhiếp chính lâu dài giữa hai vị vua và ủng hộ quan điểm cho rằng không có hoặc là có một giai đoạn đồng nhiếp chính ngắn chỉ kéo dài từ một đến hai năm.[21] Các tác phẩm khác của Donald Redford, William Murnane, Alan Gardiner và gần đây là của Lawrence Berman vào năm 1998 đã bác bỏ bất cứ quan điểm nào về một giai đoạn đồng nhiếp chính nếu có giữa Akhenaten và cha của ông [22].

Vào tháng 2 năm 2014, Bộ cổ vật Ai Cập công bố bằng chứng thuyết phục cho thấy Akhenaten đã cùng đồng trị vì với vua cha trong ít nhất 8 năm. Bằng chứng này đến từ những chữ khắc được tìm thấy trong ngôi mộ Luxor của tể tướng Amenhotep-Huy.[23][24]

Amenhotep IV lên ngôi ở Thebes và ở đó ông đã bắt đầu một dự án xây dựng. Ông cho trang trí lối vào phía nam cho tới ngoại vi của ngôi đền Amun-Re với những cảnh ông đang thờ cúng Re-Harakhti. Ông cũng đã sớm ra lệnh xây dựng một ngôi đền dành riêng cho thần Aten ở phía đông Karnak. Ngôi đền này được gọi là Gempaaten ("Thần Aten được thấy trong lãnh địa của Aten"). Gempaaten còn gồm một loạt những công trình, bao gồm cả một cung điện và một cấu trúc gọi là Benben Hwt (đặt tên theo khối đá Benben) được dành riêng cho Nữ hoàng Nefertiti. Các ngôi đền thờ thần Aten khác được xây dựng tại Karnak trong thời gian này bao gồm Rud-menu và Teni-menu, nó có thể được xây dựng gần tháp môn thứ chín. Trong thời gian này, ông đã không đàn áp tôn giáo thờ thần Amun, và vị Đại tư tế của thần Amun vẫn còn tại vị trong năm thứ tư dưới triều đại của ông.[20] Nhà vua còn hiện diện với tên gọi Amenhotep IV trong các ngôi mộ của một số quý tộc ở Thebes: Kheruef (TT192), Ramose (TT55) và ngôi mộ của Parennefer (TT188)[25].

Trong ngôi mộ của Ramose, Amenhotep IV xuất hiện trên bức tường phía tây theo phong cách truyền thống, ngồi trên một ngai vàng với Ramose xuất hiện phía trước nhà vua. Trong ngôi mộ Thebes của Parennefer, Amenhotep IV và Nefertiti đang ngồi trên ngai vàng cùng với đĩa mặt trời mô tả về vua và hoàng hậu.[25]

Một trong những ghi chép cuối cùng đề cập đến Amenhotep IV là hai bản sao của một bức thư từ viên Tổng quản của Memphis là Apy (hoặc Ipy) gửi tới pharaon. Những văn kiện này được tìm thấy ở Gurob và có niên đại là vào năm cai trị thứ 5, tháng thứ ba của mùa Trồng trọt, ngày 19.[26]